Κάθε χρόνο μεγάλος αριθμός γκρίζων φαλαινών έρχεται στα νερά των παράκτιων λιμνοθαλασσών της προστατευόμενης περιοχής για να ζευγαρώσει και να γεννήσει τα μικρά του. Εδώ ζουν επίσης γαλάζιες και μεγάπτερες φάλαινες, φώκιες, θαλάσσια λιοντάρια και θαλάσσιοι ελέφαντες. Κάποια είδη θαλάσσιων χελωνών συγκεντρώνονται στις ακτές για να γεννήσουν τα αυγά τους και περίπου 200 είδη πουλιών, κάποια από τα ενδημικά, επωάζουν ή και διαχειμάζουν εδώ.
Περίπου στο κέντρο της χερσονήσου Μπάγια Καλιφόρνια και κατά μήκος των ακτών του Ειρηνικού, εκτείνεται ένας μοναδικός θαλάσσιος βιότοπος με τις λίμνες Όγιο ντε Λιέμπρε και Σαν Ιγκνάσιο, καθώς και πολλές λιμνοθάλασσες. Ανάμεσα στον Δεκέμβριο και τον Μάρτιο συγκεντρώνεται εδώ μεγάλος αριθμός γαλάζιων φαλαινών. Καλύπτουν μια απόσταση περίπου 8.000 χλμ., ξεκινώντας από το καλοκαιρινό τους καταφύγιο, την αρκτική θάλασσα Μπέρινγκ, για να ζευγαρώσουν εδώ και να γεννήσουν τα μικρά τους. Σχεδόν οι μισές από τις γαλάζιες φάλαινες του κόσμου γεννιούνται στα νερά της Μπάγια Καλιφόρνια. Πέντε από τα συνολικά επτά είδη θαλάσσιων χελωνών που υπάρχουν σήμερα ζουν εδώ. Οι ακτές είναι τόπος διαχείμασης για χιλιάδες αποδημητικά πουλιά, όπως π.χ. η δακτυλιδόχηνα.
Στα νερά του Ελ Βιζκαΐνο συγκεντρώνονται εκτός από τις γαλάζιες φάλαινες, μεγάπτερες φάλαινες και άλλα θαλάσσια θηλαστικά, όπως ο θαλάσσιος ελέφαντας του βορρά, καθώς επίσης και είδη ερπετών απειλούμενα με εξαφάνιση, όπως η πράσινη χελώνα και η καρέτα- καρέτα.